Yazar "Bozdoğan, Bülent" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 5 / 5
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Hastane kaynaklı metisiline dirençli Staphylococcus aureus suşları arasında klonalitenin ve Panton-Valantin lökosidin toksininin araştırılması(2009) Kırdar, Sevin; Arslan, Uğur; Tuncer, İnci; Fındık, Duygu; Bozdoğan, BülentMetisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) suşları, hastanede yatan hastalarda morbidite ve mortalitenin en önemli nedenlerinden biridir. Bu çalışmada, hastane kaynaklı enfeksiyonlardan izole edilen MRSA suşları arasındaki genetik ilişkinin belirlenmesi ve bu suşlarda virülans faktörü olan Panton-Va-lentin lökosidin (PVL) toksin geninin varlığının araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya, 2006-2007 yılları arasında hastanemizin çeşitli cerrahi, dahili ve yoğun bakım ünitelerinde yatmakta olan hastalardan alınan 31 'i cerrahi yara, ikisi abse ve dördü drenaj örneğinden İzole edilen toplam 37 MRSA susu dahil edilmiştir, izolatlar arası klonalite PFGE (Pulsed-Field Gel Electrophoresis) yöntemiyle, PVL gen varlığı ise luk-PV-1 ve luk-PV-2 primerleri kullanılarak polimeraz zincir reaksiyonu ile araştırılmıştır. Suşların %83.8'inin (31/37) A tipi pulsotip ve varyantlarına ait olduğu, diğer altı sustan üçünün B, üçünün ise C pulsotipi olduğu görülmüştür. Pulsotip A'nın, göğüs kalp damar cerrahisi başta olmak üzere diğer cerrahi ve yoğun bakım ünitelerinde, pulsotip B'nin ortopedi ve pulsotip C'nin nöroloji ve beyin cerrahisi bölümlerinde yatan hastalara ait örneklerden izole edildiği belirlenmiştir. Çalışılan izolatların hiçbirisinde PVL toksin geni bulunamamıştır. Sonuç olarak; hastanemizde izole edilen MRSA suşları arasında yaygın bir klonun (pulsotip A) varlığı belirlenmiş, ancak bazı cerrahi kliniklerde farklı pulsotiplerin egemen olabildiği de gösterilmiştir. Sürekli yapılacak sürveyans çalışmaları ile, hastanelerde yaygın olan klonların zaman içindeki değişiminin izlenmesi ve nozokomiyal MRSA suşlarında PVL varlığının araştırılması değerli klinik ve epide-miyolojik bilgiler sağlayacaktır.Öğe Kan kültürlerinden izole edilen vankomisine dirençli enterococcus faecium suşlarının MLST tipleri(2013) Arslan, Uğur; Demir, Esra; Oryaşın, Erman; Türk, Hatice Dağı; Tuncer, İnci; Fındık, Duygu; Bozdoğan, BülentEnterokoklar, özellikle de tedavi seçenekleri sınırlı olan vankomisine dirençli enterokoklar (VDE), önemli nozokomiyal patojenlerdir. Enterokoklar penisilinlere ve aminoglikozidlere düşük düzey dirence sahiptir ve sefalosporinlere intrensek olarak dirençlidir. Ayrıca beta-laktam antibiyotiklere, aminoglikozidlere ve glikopeptidlere yüksek düzey direnç kazanabilir. Bu çalışmanın amacı 2003-2009 yılları arasında kan kültürlerinden izole edilen vankomisine dirençli E.faecium suşlarının glikopeptid direnç mekanizmalarını ve moleküler epidemiyolojik yöntemlerle genetik ilişkilerini belirlemektir. Çalışmaya kan kültürlerinde üreyen 38 VDE suşu alınmış; bakterilerin tanımlanması konvansiyonel yöntemler ve Phoenix 100 BD otomatize sistemi (Becton Dickinson Diagnostic Systems, ABD) ile yapılmış ve 16S rRNA amplikon dizi analizi ile doğrulanmıştır. Antibiyotik duyarlılık testi CLSI önerileri doğrultusunda Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi ile çalışılmıştır. Vankomisine direnç saptanan suşlarda E-Test (AB Biodisk, İsveç) yöntemi ile vankomisin MİK değerleri belirlenmiştir. Vankomisin direnç genlerinden vanA, vanB, vanC ve vanD varlığı polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemiyle araştırılmıştır. Suşlar arasındaki klonal ilişki değişken alanlı jel elektroforezi (PFGE) ve multilokus dizi tiplendirme (MLST) yöntemleri ile belirlenmiştir. Kan kültürlerinden izole edilen 38 enterokok suşu fenotipik yöntemlerle E.faecium olarak tanımlanmış ve 16S rRNA dizi analizi ile doğrulanmıştır. Suşların vankomisin MİK değeri E test ile 256 ?g/ml olarak saptanmıştır. Tüm suşlarda vanA geni pozitif olarak bulunmuştur. VanA geni taşıyan 38 E.faecium izolatının klonal ilişkisi PFGE yöntemiyle araştırılmış; her pulsotip ve alttiplerden MLST için seçilen örneklere dizi analizi yapılmıştır. PFGE ile dört pulsotip (A-D) ve bir adet sporadik izolat saptanmıştır. Bu suşlardan 29’unun A pulsotipine, üçünün B pul-sotipine, ikisinin C pulsotipine ve üçünün ise D pulsotipine ait olduğu belirlenmiştir. A pulsotipindeki 29 izolattan sekizi A1, dokuzu A2, altısı A3, ikisi A4 ve dördü A5 olarak tanımlanmıştır. MLST ile dört farklı dizi tipi (ST) saptanmış; 29 (%76.3) pulsotip A ve alttiplerinin ST117, üç (%7.9) pulsotip B’nin ST280, iki (%5.2) pulsotip C’nin ST18 ve üç (%7.9) pulsotip D’nin ST17 olduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak hastanemizde VDE’nin etken olduğu kan dolaşımı enfeksiyonlarının ST117 tipinde hastaneye egemen bir suştan kaynaklandığı görülmüştür. Ancak bu suşun farklı pulsotiplerinin bulunması, uzun süreden beri hastanede mevcut olan suşun genetik farklılıklar oluşturduğunu göstermektedir. Bunun yanında minör pulsotiplere ait enfeksiyonlar da belirlenmiştir. Bu nedenle VDE’lere bağlı hastane enfeksiyonlarının yayılımının önlenmesinde ve kontrolünde direnç paternlerinin belirlenmesi ve klonal ilişkinin gösterilmesi önemlidir.Öğe Serratia Marcescens Sepsis Outbreak in a Neonatal Intensive Care Unit(Wiley, 2010) Arslan, Uğur; Erayman, İbrahim; Kırdar, Sevin; Yüksekkaya, Şerife; Çimen, Ömer; Tuncer, İnci; Bozdoğan, BülentBackground: Contaminated parenteral nutrition (PN) is an important source of infection in neonates. Many organisms have been reported to cause contamination resulting in outbreaks in intensive care units. The aim of the present study was to investigate an outbreak caused by Serratia marcescens in a neonatal intensive care unit (NICU). Methods: This was a descriptive study of an outbreak of sepsis in an NICU of a university teaching hospital. The outbreak was detected in seven patients from 10 to 12 December 2005 following the administration of PN. Extensive environmental samplings for culture were performed. The clonal relationship among isolates was tested using pulsed-field gel electrophoresis, random amplification of polymorphic DNA-polymerase chain reaction and plasmid DNA typing. Results: Serratia marcescens was found in blood cultures from infected newborns and from in-use PN solutions. Gestational age of the seven babies ranged from 28 to 34 weeks (median, 32 weeks), birthweight ranged from 1000 g to 2190 g (median, 1469 g), and postnatal age ranged from 8 to 22 days. The mortality rate was 14.3%. All these strains of S. marcescens had the same antibiotic susceptibility pattern and the same genomic DNA profile. Plasmid typing, as well as RAPD-PCR showed that all isolates had the same profile. Conclusion: The source of the nosocomial sepsis in seven neonates was the PN solution. Contamination may occur during storage or repeated handling during PN preparation.Öğe Streptococcus pyogenes suşlarının emm genotiplerinin dağılımı ve antibiyotik duyarlılığı: Geliştirilmekte olan aşı ile karşılaştırma(2013) Arslan, Uğur; Oryaşın, Erman; Eskin, Zeynep; Dağı, Hatice Türk; Fındık, Duygu; Tuncer, İnci; Bozdoğan, BülentStreptococcus pyogenes tonsillofarenjitin en yaygın bakteriyel etkeni olup, ayrıca otitis media, impetigo, nekrotizan fasiit, bakteriyemi, sepsis ve toksik şok benzeri sendrom gibi hastalıklara yol açabilmektedir. Bakterinin önemli virülans faktörü olan M proteini, emm geni tarafından kodlanmakta ve bu gen epidemiyolojik çalışmalarda genotiplendirme amacıyla kullanılmaktadır. Bu çalışmada, A grubu streptokok (AGS) suşlarında M proteininin emm gen dizi analiz yöntemiyle tiplendirilmesi, saptanan M tiplerinin geliştirilmekte olan aşı içeriği ile karşılaştırılması ve izolatların antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya, laboratuvarımızda çeşitli klinik örneklerden izole edilen 35 AGS suşu dahil edilmiştir. Kan kültüründe üreyen suşlar invazif, boğaz ve apse kültüründe üreyen suşlar ise noninvazif olarak kabul edilmiştir. İzolatların tür düzeyinde tanımlanması konvansiyonel yöntemler ve 16S rRNA dizi analizi ile gerçekleştirilmiştir. S.pyogenes olarak tanımlanan suşların emm genotiplendirmesi CDCnin önerdiği şekilde PCR yöntemiyle yapılmıştır. Çalışılan 35 izolatın 23ünden amplikon elde edilmiş ve bunlara dizi analizi uygulanmıştır. Elde edilen sonuçlar CDCnin emm dizi veri bankası ile karşılaştırılmıştır. İzolatların antibiyotik duyarlılık testleri agar dilüsyon yöntemiyle CLSI önerilerine göre yapılmış ve değerlendirilmiştir. Çalışmaya alınan 35 izolattan 23ünün emm tiplendirmesi yapılmış ve 15 farklı emm genotipi saptanmıştır. En sık saptanan tipler sırasıyla emm1 (%22), emm89 (%13), emm18 (% 9) ve emm19 (%9) olarak belirlenmiştir. Diğer emm tipleri (emm5, 12, 14, 17, 26, 29, 37, 74, 78, 92, 99) %47 oranında saptanmıştır. Kan kültüründen izole edilen suşların emm1, 12, 19, 74, 89 ve 99 tiplerine sahip olduğu gözlenmiştir. Çalışmamızda belirlenen 15 emm tipinin 9 (%60)unun 26 valanlı aşı içeriğinde yer alan tipler (emm1, 5, 12, 14, 18, 19, 29, 89, 92) olduğu izlenmiştir. Diğer taraftan, S.pyogenes ile enfekte 23 olgudan 17 (%74)sinin aşı içeriğinde bulunan tipler ile enfekte olduğu ve ayrıca kan izolatlarında tespit edilen dört emm tipinin (emm1, 12, 19, 89) de geliştirilen aşının kapsamı içinde yer aldığı görülmüştür. Suşların hiçbirisinde penisilin, ampisilin, eritromisin, linkomisin, gentamisin, kloramfenikol, vankomisin ve linezolid direnci saptanmamış; altı suşta levofloksasin (MİK 4 ve 16 ?g/ml), bir suşta ise tetrasiklin direnci (MİK 16 ?g/ml) tespit edilmiştir. Sonuç olarak bölgesel verilerin sunulduğu bu çalışma, az sayıda invazif olan ve olmayan izolat ile yapılmış olup, aşının etkinliğini ve ülkemizdeki suşların ne kadarını kapsadığını belirlemek için çok merkezli ileri çalışmalara gereksinim vardır.Öğe t030, Türkiye’deki hastanelerden izole edilen metisiline dirençli staphylococcus aureus izolatları arasında en yaygın spa tipidir(2013) Bozdoğan, Bülent; Yıldız, Ömer; Oryaşın, Erman; Kırdar, Sevin; Gülcü, Burçin; Aktepe, Orhan; Arslan, UğurStaphylococcus aureus en sık görülen hastane enfeksiyon etkenleri arasındadır. Farklı koşullara adapte olabilme yeteneği sayesinde S.aureus, başarılı klonları ile epidemilere, hatta bir kıtadan diğerine yayılarak pandemilere yol açabilmektedir. Bu çalışmanın amacı, Türkiye’de farklı coğrafi bölgelerdeki 12 merkezden 2006-2008 yılları arasında izole edilen 397 metisiline dirençli S.aureus (MRSA) suşunun spa tiplendirmesinin yapılması ve PFGE ve MLST yöntemleri ile klonalitelerinin araştırılmasıdır. Ayrıca 12 merkezin dördünden 2011 yılında izole edilmiş olan 91 MRSA izolatının da spa tipleri belirlenmiştir. PFGE analizleri izolatlar arasında yaygın bir pulsotipin olduğunu göstermiştir. İzolatlardan 363 (%91.4)’ü pulsotip A, 18 (%4.5)’i pulsotip B ve 11 (%2.8)’i pulsotip C olarak bulunmuştur. SCCmec tipleme sonuçlarına göre 363 (%91.4) suş SCCmec tip III, 30 (%7.6) suş SCCmec tip IV olarak tanımlanmıştır. Pulsotipleri temsil eden suşların dizi analizi sonuçlarına göre en yaygın MLST tipinin ST239 (%85.1) olduğu, bunu her ikisi de SCCmec tip IV olarak bulunan ST737 (%4) ve ST97 (%2.8)’nin takip ettiği görülmüştür. İki SCCmec tip IV suşunun MLST tipi ise ST80 olarak bulunmuştur. Test edilen 397 suştan 338 (%85.1)’inin spa tipi t030 olarak saptanmış; bunu t005 (%2.5) ve t632 (%2) takip etmiştir. 2011 yılında izole edilen 91 suşun ise 64 (%70.3)’ü t030, 4 (%4.4)’ü t005, 2 (%2.2)’si t015 ve 2 (%2.2)’si t1094 olarak bulunmuştur. Spa tipi t030’un merkezlerde 2006-2008 suşları arasındaki prevalansı %59-100 arasındadır. İzole edilen suşlar arasında t030’un en yüksek düzeyi Ankara’da (%100) en düşük düzeyi ise Trabzon’da (%59) görülmüştür. İstanbul’da 2006-2008 örnekleri arasında %94.5 olan t030 oranının, 2011 suşları arasında %55’e düştüğü izlenmiştir. Benzer şekilde Konya ve Trabzon örneklerinde de t030 görülme oranının azaldığı belirlenirken, Aydın ilinde yıllar içinde t030 oranında artış olduğu saptanmıştır. Çalışmamızda, altı yıllık süreçte Türkiye’de en sık görülen MRSA klonunun t030 spa tipine sahip olduğu belirlenmiştir. PCR ile test edilen PVL toksin geni ise 5 (%3) suşta pozitif bulunmuş; bunlardan üçünün SCCmecIII-ST239 ve ikisinin SCCmec tip IV-ST80 olduğu görülmüştür. Bu çalışma şimdiye kadar Türkiye’de yapılmış olan en geniş epidemiyolojik çalışma olup, hastane kökenli Türkiye klonu olan TR09 (ST239-SCCmecIII-t030) ve toplum kökenli Türkiye klonu olan TR10’nun (ST737-SCCmecIV-t005) Türkiye’de yaygın olarak bulunduğunu göstermiştir.
